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| 類型 | 年度 | 獎項名稱 | 得獎人 | 頒獎單位 |
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| 校內榮譽 | 2009 | Outstanding Teaching Award | 汪宏達 | College of Life Science, NTHU |
| 校外榮譽 | 2009 | Career Development Award | 王翊青 | National Lung Cancer Partnership, USA |
| 校外榮譽 | 2009 | 國科會50週年慶「50科學成就」 | 江安世 | 國科會 |
| 校內榮譽 | 2008 | 國立清華大學生科院教師傑出論文獎 | 汪宏達 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 2008 | Fellowship from Dorothy M. Pease Endowed Fund for Cancer Research | 林愷悌 | |
| 校外榮譽 | 2008 | 東元科技獎化工/生物/醫工領域 | 江安世 | 財團法人東元科技文教基金會 |
| 校外榮譽 | 2008 | 行政院傑出科技貢獻獎 | 江安世 | 行政院 |
| 校外榮譽 | 2007 | 中山學術獎 | 江安世 | 財團法人中華民國中山學術文化基金會 |
| 校外榮譽 | 2007 | 財團法人傑出人才發展基金會傑出人才講座 | 江安世 | 財團法人傑出人才發展基金會 |
| 校外榮譽 | 2007 | 教育部學術獎 | 江安世 | 教育部 |
| 校內榮譽 | 2006 | 清華講座教授 | 潘榮隆 | 清華大學 |
| 校內榮譽 | 2006 | 清華講座教授 | 吳文桂 | 清華大學 |
| 校內榮譽 | 2006 | 清華講座教授 | 楊孝德 | 清華大學 |
| 校內榮譽 | 2006 | 清華特聘教授 | 徐邦達 | 清華大學 |
| 校外榮譽 | 2005 | 國科會傑出特約研究員獎 | 吳文桂 | 國科會 |
| 校外榮譽 | 2004 | 中華民國免疫學會陳宗仁獎學金 | 鄭世進 | |
| 校外榮譽 | 2004 | 國科會傑出研究獎 | 江安世 | 國科會 |
| 校外榮譽 | 2003 | Dean’s Fellowship, University of California, Riverside | 林愷悌 | |
| 校外榮譽 | 2002 | 國科會傑出特約研究員獎 | 潘榮隆 | 國科會 |
| 校外榮譽 | 2002 | Grant for Undergraduate Student's Research Project from NSC, Taiwan | 林愷悌 | 國科會 |
