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| 類型 | 年度 | 獎項名稱 | 得獎人 | 頒獎單位 |
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| 校內榮譽 | 100 | 榮譽教師(獲傑出教學獎3次) | 焦傳金 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 100 | 傑出學術研究出版獎勵 | 詹鴻霖 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 99 | 博士班學生 陳建任 榮獲日本發育生物學會旅行獎助學金參加 2010年亞太地區發育生物學年會 | 陳令儀 | 日本發育生物學會 |
| 校內榮譽 | 99 | 國立清華大學生科院教師教學績優獎 | 高茂傑 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 99 | Who's Who in Science and Engineering (11th Edition 2011-2012) | 詹鴻霖 | Marquis Who's Who |
| 校外榮譽 | 99 | 博士班學生 王天成 榮獲美國細胞生物學會提供旅行獎助學金參加 2009年 ASCB/JSCB/RIKEN CDB Meeting | 陳令儀 | 美國細胞生物學會 |
| 校內榮譽 | 99 | 資深優良教師 | 林立元 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 99 | 博士班學生 王天成 陳建任 分別榮獲2010年18th 細胞及分子生物新知研討會-墾丁冬令營 壁報論文獎 | 陳令儀 | 細胞及分子生物學會 |
| 校內榮譽 | 99 | 國立清華大學生科院新進教師研究獎 | 藍忠昱 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 99 | 資深優良教師 | 孫玉珠 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 99 | 99年度教師學術卓越獎勵案 | 詹鴻霖 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 99 | Associate Editor in Journal of Integrated-Omics (2010-current) | 詹鴻霖 | Journal of Integrated-Omics |
| 校內榮譽 | 99 | 國立清華大學生科院新進教師研究獎 | 詹鴻霖 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 99 | 指導研究生賴姿嘉、陳依玟分別獲得第七屆生科院論文比賽佳作 | 詹鴻霖 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 99 | 教師教學績優獎 | 莊永仁 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 99 | 指導研究生陳文婷獲國家同步輻射研究中心第16屆用戶年會生命科學組壁報成果暨英文演說競賽佳作 | 殷献生 | 國家同步輻射研究中心 |
| 校外榮譽 | 99 | 指導研究生陳依玟獲得沈巨塵基金會傑出研究論文獎 | 詹鴻霖 | 沈巨塵基金會 |
| 校內榮譽 | 99 | 清華大學第二屆傑出導師獎 | 林彩雲 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 99 | 清華特聘教授 | 徐瑞洲 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 99 | 資深優良教師 | 傅化文 | 國立清華大學 |
