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| 類型 | 年度 | 獎項名稱 | 得獎人 | 頒獎單位 |
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| 校外榮譽 | 2002 | 國科會傑出特約研究員獎 | 楊孝德 | 國科會 |
| 校外榮譽 | 2002 | 2nd Research Poster Competition Award, ABRC, Academia Sinica | 林愷悌 | 中央研究院 |
| 校外榮譽 | 2002 | 國科會吳大猷先生紀念獎 | 王雯靜 | 國科會 |
| 校外榮譽 | 2001 | Fan-Chang Lui Scholarship | 林愷悌 | |
| 校外榮譽 | 2001 | Chinese Women's Union Organization Scholarship | 林愷悌 | |
| 校外榮譽 | 2001 | Fellowship | 王翊青 | Department of Molecular Genetics, College of Medicine, University of Illinois at Chicago |
| 校外榮譽 | 2000 | Postdoctoral Fellowship | 汪宏達 | John Douglas French Alzheimer’s Foundation. |
| 校外榮譽 | 2000 | Postdoctoral Research Fellowship | 汪宏達 | National Institute of Aging, NIH. |
| 校外榮譽 | 2000 | 中山學術著作獎 | 吳文桂 | 財團法人中華民國中山學術文化基金會 |
| 校外榮譽 | 1999 | 國科會特約研究人員 | 吳文桂 | 國科會 |
| 校外榮譽 | 1996 | 國科會特約研究人員 | 楊孝德 | 國科會 |
| 校外榮譽 | 1996 | PhRMA Fellowship | 汪宏達 | Pharmaceutical Research and Manufactures of America Foundation. |
| 校外榮譽 | 1996 | Charles & Charlotte Krown Fellowship | 汪宏達 | School of Pharmacy, USC. |
| 校外榮譽 | 1995 | 國科會特約研究人員 | 潘榮隆 | 國科會 |
| 校外榮譽 | 1994 | 中山學術著作獎 | 楊孝德 | 財團法人中華民國中山學術文化基金會 |
| 校外榮譽 | 109 | 大學生羅紹倫榮獲2020年大專生參與科技部專題研究計畫 通過 | 陳令儀 | 科技部 |
| 校內榮譽 | 109 | 國立清華大學108學年度傑出教學獎 | 藍忠昱 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 109 | 博士生梁閔宗榮獲2020年沈巨塵先生清華獎學金之論文發表獎助金 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
| 校內榮譽 | 109 | 國立清華大學生科院傑出論文獎 | 林玉俊 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 109 | 國立清華大學延攬及留住特殊優秀人才彈性薪資暨獎勵補助 | 詹鴻霖 | 國立清華大學 |
