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| 類型 | 年度 | 獎項名稱 | 得獎人 | 頒獎單位 |
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| 校內榮譽 | 99 | 國立清華大學教師學術卓越獎勵 | 傅化文 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 99 | 國立清華大學傑出學術研究出版獎勵 | 藍忠昱 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 98 | 碩士班學生 李怡萱 榮獲斐陶斐學會榮譽會員 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 98 | 榮譽教師(獲傑出教學獎3次) | 徐瑞洲 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 98 | 傑出學術研究出版獎勵 | 陳令儀 | 清華大學 |
| 校內榮譽 | 98 | 指導碩士班研究生賴姿嘉獲得第六屆生科院海報比賽優勝 | 詹鴻霖 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 98 | 傑出教學獎 | 徐瑞洲 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 98 | 清華大學生命科學院新進教師研究獎 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 98 | 碩士班學生 李怡萱 榮獲 2009年清華大學暨交通大學生命科學院海報論文比賽優勝 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 98 | 博士班學生 張育蓉 榮獲沈巨塵先生清華獎學金 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
| 校內榮譽 | 98 | 碩士班學生 呂婉禎 榮獲2009年清華大學暨交通大學生命科學院海報論文比賽佳作 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 97 | 國立清華大學生命科學院新進教師研究獎 | 桑自剛 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 97 | 傑出教學獎 | 焦傳金 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 97 | 碩士班學生 林偉帆 榮獲2008年清華大學生命科學院海報論文比賽優勝 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 97 | The 16th Symposium on Recent Advances in Cellular and Molecular Biology, Excellent Poster Award, Taiwan. | 林玉俊 | The Society of cellular and molecular biology |
| 校內榮譽 | 97 | 國立清華大學生命科學院傑出教學獎 | 藍忠昱 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 97 | The 3rd NTU-Kyoto U student Mini-Symposium on Molecular and Cell Biology, Outstanding poster design and presentation, Kyoto, Japan. | 林玉俊 | Kyoto University |
| 校內榮譽 | 96 | 國立清華大學生命科學院教師傑出研究獎 | 傅化文 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 96 | Travel Award for Research Assistant, Graduate Student and Postdocs Taiwan. | 林玉俊 | Chinese Society of Cell and Molecular Biology |
| 校內榮譽 | 96 | 傑出教學獎 | 莊永仁 | 國立清華大學 |
