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| 類型 | 年度 | 獎項名稱 | 得獎人 | 頒獎單位 |
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| 校外榮譽 | 109 | 第58屆十大傑出青年 | 林玉俊 | 中華民國青商總會 |
| 校外榮譽 | 108 | 博士生張筑芫榮獲2019年沈巨塵先生清華獎學金之論文發表獎助金 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
| 校外榮譽 | 108 | 大學部專題生 黃亮崴 108年大專生參與科技部專題研究計畫 通過 | 陳令儀 | 科技部 |
| 校外榮譽 | 108 | 大學生黃亮崴榮獲2019年大專生參與科技部專題研究計畫 通過 | 陳令儀 | 科技部 |
| 校外榮譽 | 108 | 博士生柯婷翎榮獲2019年沈巨塵基金會優秀研究生獎 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
| 校外榮譽 | 108 | 大學部學生 吳靖之 榮獲2018年清華大學生命科學院海報比賽最佳生醫影像獎 | 陳令儀 | 台灣儀器公司 |
| 校外榮譽 | 108 | 博士後研究員 張育蓉博士榮獲台灣粒線體醫學暨研究學會年會論文壁報比賽佳作 | 陳令儀 | 台灣粒線體醫學暨研究學會 |
| 校內榮譽 | 108 | 國立清華大學延攬及留住特殊優秀人才彈性薪資暨獎勵補助 | 詹鴻霖 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 108 | 財團法人肝病防治學術基金會- 25週年 研究獎助 | 王慧菁 | 財團法人肝病防治學術基金會 |
| 校外榮譽 | 108 | 科技部年輕學者獎 | 林玉俊 | 科技部 |
| 校內榮譽 | 107 | 清大校級新進人員研究獎 | 林玉俊 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 107 | 大學生王貞榮獲2018年大專生參與科技部專題研究計畫 通過 | 陳令儀 | 科技部 |
| 校內榮譽 | 107 | 碩士生簡鈴榮獲2018年清華大學生命科學院海報比賽最佳生醫影像獎 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 107 | 博士班學生 張筑芫榮獲新創生醫研究與人才培育跨國研討會口頭報告第一名 | 陳令儀 | 國立清華大學生命科學院/日本大阪大學 |
| 校內榮譽 | 107 | 博士生梁閔宗榮獲2018-2021年博士班校長獎學金 | 陳令儀 | 清華大學 |
| 校外榮譽 | 107 | 張筑芫博士生榮獲2018年沈巨塵基金會優秀研究生獎 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
| 校外榮譽 | 107 | 張筑芫博士生榮獲2018學大阪大學-清華大學生科學生研討會口頭報告冠軍 | 陳令儀 | 日本大阪大學 |
| 校外榮譽 | 107 | 博士後研究員 張育蓉博士榮獲 "Miracle Award" during 15th Conference of Asia Society of Mitochondrial Research and Medicine | 陳令儀 | Asia Society of Mitochondrial Research and Medicine |
| 校外榮譽 | 107 | 大學部學生 莊學群 榮獲2017年清華大學生命科學院海報比賽最佳生醫影像獎 | 陳令儀 | 台灣儀器公司 |
| 校外榮譽 | 107 | 博士班學生 石健弘 榮獲2018年沈巨塵先生清華獎學金之論文發表獎助金 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
