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| 類型 | 年度 | 獎項名稱 | 得獎人 | 頒獎單位 |
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| 校外榮譽 | 2012 | 101年度肝病防治學術基金會研究獎助金 | 汪宏達 | 財團法人肝病防治學術基金會 |
| 校外榮譽 | 2012 | 101年度國科會補助延攬特殊優秀人才獎勵 | 王翊青 | 國科會 |
| 校外榮譽 | 2012 | AEARU Distinghuished Lecture (東亞研究型大學協會 傑出講座) | 江安世 | AEARU |
| 校外榮譽 | 2012 | Excellent poster in 2012 NHRI Research Day | 林愷悌 | 國家衛生研究院 |
| 校外榮譽 | 2012 | Published Taiwan’s first "Science" full article. | 江安世 | |
| 校外榮譽 | 2012 | TWAS Prize in Biologoy (發展中世界科學會TWAS 生物學類獎) | 江安世 | TWAS |
| 校外榮譽 | 2011 | 國科會吳大猷先生紀念獎 | 焦傳金 | 國科會 |
| 校內榮譽 | 2011 | 清華榮譽獎座 | 彭筱明 | 清華大學 |
| 校外榮譽 | 2011 | 國科會 攻頂計畫 | 江安世 | 國科會 |
| 校內榮譽 | 2011 | 生命科學院新進教師研究獎 | 張壯榮 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 2011 | Excellent paper in 2011 NHRI Research Day | 林愷悌 | 國家衛生研究院 |
| 校內榮譽 | 2011 | 校教學獎勵 | 王歐力 | 清華大學 |
| 校內榮譽 | 2011 | 國立清華大學教學優良教師教學獎勵 | 汪宏達 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 2010 | 校傑出學術研究出版獎勵 | 王歐力 | 清華大學 |
| 校內榮譽 | 2010 | 生科院99年度教師傑出研究獎 | 王歐力 | 生科院 |
| 校內榮譽 | 2010 | Outstanding Thesis Award | 汪宏達 | College of Life Science, NTHU |
| 校內榮譽 | 2010 | 清大傑出學術研究出版獎勵 | 汪宏達 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 2010 | 國科會 傑出獎 | 江安世 | 國科會 |
| 校內榮譽 | 2009 | 生科院98年度教學績優獎 | 王歐力 | 生科院 |
| 校內榮譽 | 2009 | 清華特聘教授 | 王雯靜 | 清華大學 |
