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| 類型 | 年度 | 獎項名稱 | 得獎人 | 頒獎單位 |
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| 校內榮譽 | 100 | 大學部學生 邱洵 榮獲2011年清華大學暨交通大學生命科學院海報比賽佳作 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 100 | Who's who in Asia(2011) | 詹鴻霖 | Marquis Who's Who |
| 校內榮譽 | 100 | 國立清華大學生科院新進教師研究獎 | 詹鴻霖 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 100 | 指導碩士班研究生盧映潔獲得第八屆生科院海報比賽優勝 | 詹鴻霖 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 100 | 榮總台聯大傑出論文獎 | 詹鴻霖 | 榮總台灣聯合大學系統 |
| 校外榮譽 | 100 | 博士班學生 王天成 榮獲中華民國細胞生物學會提供旅行獎助學金參加2011年亞太地區發育生物學年會 | 陳令儀 | 中華民國細胞生物學會 |
| 校外榮譽 | 100 | Editorial Board, ISRN Cell Biology (2011-current) | 陳令儀 | International Scholarly Research Network |
| 校內榮譽 | 100 | 清華大學生命科學院新進教師研究獎 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 100 | 國立清華大學教學獎勵補助 | 傅化文 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 100 | 博士班學生 王天成 榮獲2011年清華大學暨交通大學生命科學院論文比賽佳作 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 100 | 清華大學生科院教學績優獎 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 100 | 博士班學生 陳建任 榮獲日本發育生物學會旅行獎助學金參加 2011年亞太地區發育生物學年會 | 陳令儀 | 日本發育生物學會 |
| 校內榮譽 | 100 | 清華大學99學年度傑出教學獎 | 陳令儀 | 清華大學 |
| 校內榮譽 | 100 | 國立清華大學傑出學術研究出版獎勵 | 藍忠昱 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 100 | Who's who in the World (2011) | 詹鴻霖 | Marquis Who's Who |
| 校內榮譽 | 100 | 教師教學績優獎 | 莊永仁 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 100 | 2011台灣100大年度10位Super MVP經理人 | 李家維 | 經理人月刊 |
| 校外榮譽 | 100 | 博士班學生 王天成 榮獲清華大學生命科學院100學年度沈巨塵先生清華獎學金之論文發表獎助金 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
| 校內榮譽 | 100 | 傑出教學獎 | 焦傳金 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 100 | 國立清華大學生命科學院傑出教學獎 | 藍忠昱 | 國立清華大學生命科學院 |
