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| 類型 | 年度 | 獎項名稱 | 得獎人 | 頒獎單位 |
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| 校內榮譽 | 101 | 指導博士班研究生林思婷獲得生科院2012年海報比賽優勝 | 詹鴻霖 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 101 | 清華特聘教授 | 焦傳金 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 101 | 國立清華大學新進人員研究獎 | 詹鴻霖 | 國立清華大學 |
| 校內榮譽 | 101 | 101年度教師學術卓越獎勵案 | 詹鴻霖 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 101 | 博士班學生 張育蓉 榮獲清華大學生命科學院100學年度沈巨塵先生清華獎學金之論文發表獎助金 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
| 校內榮譽 | 101 | 碩士班學生 陳冠維 榮獲 2012年清華大學暨交通大學生命科學院壁報比賽佳作 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 101 | 博士班學生 張育蓉 榮獲 2012年清華大學暨交通大學生命科學院壁報比賽佳作 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 101 | Reviewer Appreciation Certificate | 詹鴻霖 | American Chemistry Society |
| 校內榮譽 | 101 | 博士班學生 陳建任 榮獲 2012年清華大學暨交通大學生命科學院壁報比賽優勝 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 101 | Postdoctoral fellowship for research abroad, National Science Council (awarded for 2 years) | 林玉俊 | National Science Council |
| 校內榮譽 | 101 | 國立清華大學傑出學術研究出版獎勵 | 桑自剛 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 101 | Coverpage in Molecular BioSystems, 2012, Issue 12 | 詹鴻霖 | Royal Society of Chemistry, UK |
| 校內榮譽 | 101 | 博士班學生 陳冠維 榮獲清華大學校長獎學金 | 陳令儀 | 清華大學 |
| 校內榮譽 | 101 | 國立清華大學傑出學術研究出版獎勵 | 藍忠昱 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 101 | 博士班學生 陳建任 榮獲[2012神經科學學術年會」海報組「佳作」 | 陳令儀 | 中華民國神經基礎科學學會 |
| 校外榮譽 | 101 | 博士班學生 石健弘 榮獲沈巨塵先生清華獎學金 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
| 校外榮譽 | 101 | 新竹馬偕醫院學術審查委員 | 詹鴻霖 | 新竹馬偕醫院 |
| 校內榮譽 | 101 | 傑出學術研究出版獎勵 | 詹鴻霖 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 100 | 指導研究生陳文婷獲國家同步輻射研究中心第17屆用戶年會生命科學組壁報成果暨英文演說競賽佳作 | 殷献生 | 國家同步輻射研究中心 |
| 校外榮譽 | 100 | 學術獎第二名指導教授 | 桑自剛 | 財團法人立夫醫藥研究文教基金會 |
