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| 類型 | 年度 | 獎項名稱 | 得獎人 | 頒獎單位 |
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| 校外榮譽 | 104 | 博士班學生陳冠維榮獲沈巨塵先生清華獎學金-優秀學生研究獎學金 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
| 校外榮譽 | 104 | 博士班學生 陳冠維 榮獲 2015年清華大學暨大阪大學學術交流研討會口頭報告第一名 | 陳令儀 | 日本大阪大學 |
| 校外榮譽 | 104 | Editorial Board of CANCER RESEARCH AND ONCOLOGY | 詹鴻霖 | Cresco Publisher |
| 校外榮譽 | 104 | Editorial Board of Journal of Chemical Biology & Therapeutics | 詹鴻霖 | OMICS Publish Group |
| 校外榮譽 | 104 | 碩士班學生簡鈴榮獲沈巨塵先生清華獎學金-優秀學生研究獎學金 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
| 校外榮譽 | 104 | 大學部專題生連晏苓 104年大專生參與科技部專題研究計畫 通過 | 陳令儀 | 科技部 |
| 校外榮譽 | 104 | 中國生物學會傑出研究獎 | 詹鴻霖 | 中國生物學會 |
| 校內榮譽 | 104 | 大學部學生 簡鈴 榮獲2011年清華大學暨交通大學生命科學院海報比賽優勝 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 104 | 國立清華大學教學獎勵補助 | 傅化文 | 國立清華大學 |
| 校外榮譽 | 104 | 大學部專題生連誼榮獲沈巨塵先生清華獎學金-優秀學生研究獎學金 | 陳令儀 | 沈巨塵基金會 |
| 校外榮譽 | 104 | 科技部補助延攬特殊優秀人才 | 林玉俊 | 科技部 |
| 校外榮譽 | 104 | 博士生 張育蓉榮登斐陶斐榮譽會員 | 陳令儀 | 中華民國斐陶斐榮譽學會 |
| 校外榮譽 | 104 | 張育蓉博士 榮獲徐千田論文獎 | 陳令儀 | 中華民國分子與細胞生物年會 |
| 校內榮譽 | 104 | 國立清華大學生命科學院研究傑出獎 | 桑自剛 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 103 | 博士班學生 陳冠維 榮獲 2014年清華大學暨大阪大學學術交流研討會口頭報告第一名 | 陳令儀 | 日本大阪大學 |
| 校內榮譽 | 103 | 指導生科系大學部張若凡獲得生科院2014年海報比賽特別獎 | 詹鴻霖 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 103 | 指導碩士班研究生陳滰娗獲得生科院2014年論文比賽優勝 | 詹鴻霖 | 國立清華大學生命科學院 |
| 校內榮譽 | 103 | 博士班學生 張育蓉 榮獲 2014年清華大學暨交通大學生命科學院論文比賽佳作 | 陳令儀 | 清華大學生命科學院 |
| 校外榮譽 | 103 | Editorial Board of Journal of Translational Proteomics Research | 詹鴻霖 | Cosmos Scholars Publisher |
| 校內榮譽 | 103 | 清華大學第六屆傑出導師獎 | 陳令儀 | 清華大學 |
